（医药产业）济宁市医药产业基础较好，形成了以化学制药、生物制药、现代中药和医疗器械为主的产业格局。鲁抗医药、辰欣药业入选中国化学制药百强企业，形成了以济宁高新区健康产业园为龙头，邹城生物医药循环经济产业园、兖州区医疗健康产业园、经开区医疗装备产业园、微山道地药材生产加工基地等特色发展的产业集群。

化学制药拥有产业链企业22家，形成了医药中间体--化学原料药--药品制剂较为完整的产业链，品种从抗生素发展到心脑血管系统用药、消化道疾病用药、抗肿瘤药物等众多领域。鲁抗医药为代表的抗生素生产基地是国内四大抗生素生产基地之一，青霉素类、头孢类抗生素在全国占有优势地位，大观霉素、头孢拉定等18个品种居全国第一。制剂领域以辰欣药业为代表，主导产品大输液总产能位居国内单厂产量第一，小容量水针剂年生产能力位居山东省第一位，。

生物制药产业优势主要体现在发酵类产品方面，形成了青霉素类、头孢类等人用抗生素产业链，盐霉素、泰乐菌素等兽用抗生素产业链，以及比较完备的透明质酸钠产业链。鲁抗邹城园区15000立方发酵吨位，在国内医药企业发酵吨位中名列前茅，能满足各类发酵产品从小试、中试到工业化大生产的需要。

现代中药拥有制造加工企业13家，中药材种养殖成规模的有康源堂的水蛭、蟾蜍，汶上的酸枣仁，泗水的金银花，嘉祥的菊花，梁山的蚯蚓；中药饮片生产企业主要有邦尔、嘉泰、康源堂、姜翰等；中药制剂生产企业主要有广育堂、昊福、孔圣堂、孔府制药、华能制药、端信堂大禹等。